Zajęcie Wołynia przez Armię Czerwoną i przymusowe przyłączenie go do ZSRR i rozpoczęcie jego sowietyzacji i ukrainizacji spowodowało opór społeczeństwa polskiego. Mimo represji, prześladowań, masowych aresztowań i budowy przez NKWD totalnego systemu donosicielskiego znalazły się jednostki, które zaczęły tworzyć organizacje podziemne.
Czyniono to często na własną rękę, nie szukając kontaktów ze strukturami Służby Zwycięstwu Polski, przekształconego później w Związek Walki Zbrojnej. Wszystkich motywowała nadzieja, że sytuacja jest tymczasowa, że wkrótce wybuchnie wojna, w której Niemcy zostaną pokonane przez aliantów zachodnich, a ci z kolei wyzwolą Polskę, zmuszając Sowietów do opuszczenia Kresów.
Głównymi organizatorami tych grup byli nauczyciele, kolejarze, niearesztowani jeszcze ziemianie i oficerowie rezerwy, którzy się nie zarejestrowali u władz sowieckich. W Kowlu taka organizacja powstałą już kilka dni po zajęciu miasta przez Armię Czerwoną. Nosiła nawę Związku Obrońców Wołynia. W Janowej Dolinie powstała organizacja nosząca nazwę „Zjednoczenie Organizacji Wyzwolenia Ojczyzny”. W Równem powstał „Legion Niepodległości Polski”. Część tych organizacji weszła w skład Związku Walki Zbrojnej, niektóre obawiając się wpadki, zaprzestały działalności, a część została niestety rozgromiona przez NKWD.
Nie zważając na sowieckie represje, na terenie Wołynia, jak grzyby po deszczu zaczęły się tworzyć organizacje podziemne. Jedną z pierwszych, jeżeli nie pierwszą, był Związek Obrońców Wołynia. Powstał on jeszcze we wrześniu 1939 r., kilka dni po wkroczeniu Armii Czerwonej do Kowla. Głównym motorem jej powstania był nauczyciel, kierownik szkoły II stopnia w Drozdniach niedaleko Kowla Władysław Czermiński, późniejszy porucznik „Jastrząb”. Pomagał on żołnierzom i oficerom Wojska Polskiego w uniknięciu sowieckiej niewoli. Jednym z nich był gen. Mariusz Zaruski, taternik, żeglarz, literat, twórca GOPR-u, zasłużony na wielu polach działacz społeczny. Początkowo wraz z kilkoma wyższymi oficerami ukrywał się w dworze w Zastawiu, ale gdy ukraińscy komuniści chcieli ich wymordować, Czermiński wyprowadził ich najpierw do Woronny, a później do Kowla. Tu utworzyli oni Związek Obrońców Wołynia (ZOW). Na jego czele stanął gen. Mariusz Zaruski, zastępcą zaś został Władysław Czermiński. Natychmiast przystąpiono do organizowania tajnych komórek Związku. Po wyjeździe gen. Zaruskiego do Lwowa u progu zimy 1939/40 r., działaniami Związku kierował Władysław Czermiński. Gdy jednak zorientował się, że Związkowi depczą po piętach szpiedzy NKWD, zwerbowani z miejscowych Ukraińców i Żydów, natychmiast zawiesił funkcjonowanie organizacji.
I tak jednak kilku członków organizacji zostało aresztowanych i zesłanych na Sybir. Niemniej Czermiński wyszedł cało z opresji i z wieloma współpracownikami organizacji spotkał się w utworzonym przez siebie oddziale, który stanął do walki w obronie mordowanych przez Ukraińców polskich wsi, w okolicach Kowla. Sam generał Zaruski został niestety przez Sowietów we Lwowie aresztowany wraz z żoną. Zmarł w więzieniu NKWD w Chersoniu w kwietniu 1940 r. Miał 73 lata. Oficjalnie z powodu ciężkiej niewydolności serca.
Wzorcowa Janowa Dolina
Antysowiecka organizacja powstańcza powstała także w Janowej Dolinie. Była to specyficzna miejscowość zbudowana w latach trzydziestych XX wieku dla pracowników zajmujących się wydobyciem bazaltu w pobliskich kamieniołomach. Miała być wzorcowym osiedlem robotniczym, stanowiącym symbol osiągnięć gospodarczych II Rzeczypospolitej na Wołyniu. W osadzie oprócz osiedla mieszkaniowego znajdowały się budynki dyrekcji kamieniołomów, elektrownia, duży budynek, w którym mieścił się hotel robotniczy, gdzie urządzona została sala kinowo-teatralna. Ponadto w Janowej Dolinie funkcjonował szpital, szkoła, przedszkole, sklep – kantyna i kaplica w tymczasowym baraku; w miejscowości znajdował się także posterunek Policji Państwowej. W osadzie funkcjonowała też bocznica kolejowa, doprowadzona z Kostopola.
Dzięki temu ta otoczona lasami osada miała łączność ze światem. Drogą kolejową w świat wędrował też eksploatowany w tutejszych kamieniołomach bazalt. Był on tu nie tylko wydobywany, ale i przerabiany. W Janowej Dolinie na stałe mieszkało tysiąc osiemset osób, chociaż kamieniołom zatrudniał trzy tysiące osób. W samej osadzie 80 proc. ludności stanowili Polacy. Tworzyła ona więc niejako naturalne zaplecze do pracy niepodległościowej, skupiając Polaków nieakceptujących sowieckiej okupacji. Ukraińscy komuniści zwrócili na to uwagę już we wrześniu 1939 r. Objęli kontrolę nad miasteczkiem jeszcze przed wkroczeniem wojsk radzieckich. Jak Podają Władysław i Ewa Siemaszkowie, odebrali oni łupy ukraińskim nacjonalistom, którzy pierwsi wtargnęli do miejscowości, rozbrajając 20-osobowy oddział żołnierzy polskich, przysłanych do ochrony kamieniołomów. Ukraińscy komuniści, którzy z czerwonymi opaskami na rękawach nazywali się milicjantami, odebrali też nacjonalistom ukraińskim 12 karabinów, walizkę z krótką bronią, odzież i radioodbiornik, który ci zrabowali z posterunku policji państwowej. Przygotowali oni też uroczyste powitanie wkraczających do Janowej Doliny wojsk radzieckich. Zbudowali bramę powitalną, przy której wkraczających żołnierzy witali chlebem i solą.
Byli źle zakonspirowani
Najprawdopodobniej to ukraińscy komuniści spowodowali, że NKWD wpadło na trop polskiej organizacji samoobrony, działającej lub raczej dopiero zaczynającej działać. Nacjonaliści ukraińscy tego nie zrobili, bo przy okazji likwidacji polskiej organizacji, NKWD aresztowało także… przywódcę ukraińskiej organizacji nacjonalistycznej w Janowej Dolinie, niejakiego Romaniuka. Z dostępnych akt śledztwa wynika, że organizatorem grupy powstańczej w tej miejscowości był Marian Zarębski, nauczyciel szkoły powszechnej w Janowej Dolinie. We wniosku oskarżającym go czytamy: „Podczas śledztwa przeprowadzonego w tej sprawie ustalono, że Zarębski, będąc wrogo nastawionym do władzy sowieckiej, w okresie od października do grudnia 1939 r. uprawiał propagandę antysowiecką wśród mieszkańców osady Janowa Dolina, chcąc skupić wokół siebie niezdecydowany element wśród stronników byłego rządu polskiego i utworzyć antysowieckie kadry tak, by móc wszcząć zbrojne powstanie przeciwko władzy sowieckiej.”
Zarębski zaczął tworzyć w Janowej Dolinie organizację w porozumieniu z jej kierownictwem we Lwowie. Nazywała się ona „Zjednoczenie Organizacji Wyzwolenia Ojczyzny”. Organizacja ta, jak zeznał w śledztwie Zarębski, stawiała sobie za cel walkę z Niemcami, bo wojna z Niemcami jeszcze się nie zakończyła i Związek Sowiecki też będzie z nimi walczył. Wersji tej kurczowo trzymał się do końca. Wciągnął on do organizacji wszystkich znanych Polaków. Każdy z nich miał tworzyć następne „piątki”, gromadzić broń. Konspiracja ta została jednak bardzo szybko rozpracowana. Janowa Dolina mimo, że była nowoczesnym i wzorcowym osiedlem, to jednak niezbyt dużym. Tu wszyscy się znali i wiedzieli, kto czym się zajmuje. Organizacja ta była źle zakonspirowana. W tak małej miejscowości nie należało tworzyć organizacji masowej. W sumie w śledztwie przewinęło się dwadzieścia pięć osób!
Generalnie rzecz biorąc, NKWD aresztowało w Janowej Dolinie kilkudziesięciu Polaków, a po ich skazaniu deportowało także głównie do Kazachstanu ich rodziny. Doprowadziło to do osłabienia żywiołu polskiego w Janowej Dolinie. Konspiracja polska, która zaczęła się tworzyć w osadzie w czasie okupacji niemieckiej, została pozbawiona swego najwartościowszego elementu. Utrudniło to jej rozwinięcie do tego stopnia, by była w stanie odeprzeć w 1943 r. napad OUN-UPA, w trakcie którego jej bojówkarze bestialsko zamordowali ponad sześciuset mieszkańców.
Harcerki na czele
Ośrodkiem, w którym konspiracja polska zaczęła się tworzyć jeszcze we wrześniu 1939 r. na bazie członkiń Chorągwi Wołyńskiej Żeńskiej był Włodzimierz Wołyński. Na jej czele stała Wanda Wachnowska-Skorupska ps. „Marysia” i „Wala”, polska adwokatka, harcmistrzyni, instruktorka i Komendantka Hufca. Od 1938 r. pełniła funkcję komendanta Pogotowia Wojennego Harcerek Chorągwi Wołyńskiej. Do historii przeszła jako wielka patriotka, charyzmatyczna instruktorka i wychowawczyni kilku pokoleń harcerek i współtwórczyni harcerstwa żeńskiego na Wołyniu. Jej podkomendne jeszcze przed wybuchem wojny objęły służbę w ramach Pogotowia Wojennego Harcerek. W jego ramach zorganizowały akcję zaciemnienia domów i ulic. 12 września 1939 r. w budynku gimnazjalnym zorganizowały szpital polowy. Pomagały też żołnierzom polskim, którzy po 17 września 1939 r. chcieli się ukryć albo wrócić do rodziny lub przedostać się przez Węgry i Rumunię na Zachód, by walczyć dalej. Po 17 września 1939 r. harcerki kontynuowały swoją działalność tyle, że już konspiracyjnie. Nie zajmowały się oczywiście dywersją, czy przygotowaniami do walki, ale ratowaniem tego, co jeszcze było do uratowania. Przede wszystkim starały się pomagać ukrywającym się żołnierzom WP. Niektórzy byli ranni i by mogli wyruszyć w drogę, trzeba było ich najpierw wyleczyć. Później zaś zaopatrzyć w cywilne ubrania i dokumenty. Jednym z tych, którzy wyruszyli przez Węgry na Zachód był mąż Wandy Skorupskiej Kazimierz Skorupski, zapalony harcerz i prokurator w Sądzie Okręgowym w Łucku. Małżonkowie pożegnali się 17 września 1939 r. Myśleli, że ich rozłąka będzie trwać krótko. Niestety, zobaczyli się dopiero po 19 latach, po zmianach, które zaszły w Polsce po 1956 r.
Harcerki przeprowadzały przebranych żołnierzy i zaopatrzonych w dokumenty do Lwowa, gdzie przekazywały ich innym harcerkom. Owe przeprowadzanie stało się jedną ze specjalizacji Wandy Skorupskiej.
Oprócz „ewakuacji żołnierzy”, bądź osób zagrożonych aresztowaniem, harcerki zaczęły też zajmować się tajnym nauczaniem uczniów, którzy po zajęciu Kresów w 1939 r. przez Sowietów nie mogli już uczęszczać do polskiego gimnazjum. Wszyscy zostali zapisani do sowieckiej dziesięciolatki, w której program szkolny został dostosowany do obowiązującego w ZSRR. Usunięto z niego religię, historię Polski, zabroniono też posługiwać się polskimi podręcznikami. Uczniowie polscy z polskich rodzin, zwłaszcza inteligenckich, bardzo źle to znosili. Harcerki z polecenia Wandy Skorupskiej starały się ich ratować dla Rzeczypospolitej.
Sieć donosicielstwa zadziałała
Harcerki uczyły języka polskiego i literatury, historii Polski i języków obcych. Jeżeli któraś z nich miała opanowane partie materiału z danego przedmiotu, to przekazywała swą wiedzę młodszym. Także włodzimierscy harcerze włączyli się do działalności harcerek. Zbierali broń porzuconą przez polskich żołnierzy, którą starali się zamelinować na strychach domów. Udało im się też zdobyć duże ilości leków ze strategicznych zapasów, pozostawionych przez jeden z polskich pułków. Ukryli je u jednego z lekarzy we Włodzimierzu Wołyńskim.
Organizacja działała tylko przez kilka miesięcy. NKWD szybko ją jednak rozpracowało. Sieć donosicielska stworzona przez tę służbę, posługująca się przede wszystkim konfidentami ukraińskiego i żydowskiego pochodzenia, rówieśnikami konspiratorów uważających, że Polacy przeszkadzają Sowietom w budowie najlepszego ustroju na świecie. W wyniku donosu cała organizacja, kierowana przez Wandę Skorupską, została rozbita, a wielu jej członków aresztowanych. W kwietniu 1940 r. Wandę osadzono we włodzimierskim więzieniu. Była wtedy w siódmym miesiącu ciąży. Dzięki wstawiennictwu ks. Dziekana Aleksandra i dr Ludwika Grossfelda została przeniesiona do szpitala w Horochowie. Tu 27 maja urodziła drugiego syna Andrzeja. Funkcjonariusze zaproponowali jej, że ją wypuszczą z więzienia, jeżeli zgodzi się na współpracę. Ta jednak zdecydowanie odmówiła. W rezultacie została skazana na karę śmierci. Sowieci nie zdążyli jednak wykonać wyroku. Wkroczenie Niemców na Wołyń uratowało jej życie.